Kristopher Letang est né le 24 avril 1987 à Montréal, ville située dans la province de Québec. Fils unique, il est élevé par sa mère Christiane Letang et son beau-père Michel Pépin. Son père biologique, Claude Fouquet, le voit rarement. Ils parlent parfois au téléphone ensemble et se voient occasionnellement durant l'été. Après avoir joué son hockey mineur à Sainte-Julie, il intègre l'effectif des Gaulois du Collège Antoine-Girouard à Saint-Hyacinthe dans la ligue midget AAA.
Il participe en juin 2003 au repêchage de la Ligue de hockey junior majeur du Québec. Il est choisi par les Foreurs de Val-d'Or en tant que 27e choix lors de la deuxième ronde ; sept autres joueurs des Gaulois étant choisis au total lors des deux premières rondes. Cette année-là, le premier choix du repêchage de la LHJMQ est Sidney Crosby par l'Océanic de Rimouski.
Letang commence sa carrière junior en 2004-2005 avec la franchise des Foreurs. Il prend part avec l'équipe LHJMQ au Défi ADT Canada-Russie. Val-d'Or est éliminé de la course aux séries éliminatoires en terminant à l'avant-dernière place de la saison, les derniers étant le Titan d'Acadie-Bathurst. Il totalise 32 points à l'issue de sa première saison. Letang est nommé dans l'équipe d'étoiles des recrues de la LHJMQ. Au cours du repêchage d'entrée dans la Ligue nationale de hockey de 2005, il est choisi par les Penguins de Pittsburgh en troisième ronde au 62e rang alors que le premier choix du repêchage est encore Sidney Crosby qui est également choisi par les Penguins.
En avril 2005, Letang est sélectionné pour la première fois au sein de l'équipe du Canada des moins de 18 ans pour participer au championnat du monde correspondant qui se joue en République tchèque. En remportant le match 3 à 2 contre les Tchèques, le Canada est qualifié pour la finale contre les États-Unis. Malgré tout, les Américains l'emportent facilement 5 buts à 1 et l'équipe canadienne finit à la deuxième place ; Letang remporte sa première médaille internationale.
Letang ne rejoint pas de suite la franchise des Penguins et reste jouer dans la LHJMQ pour la saison 2005-2006 afin de continuer à progresser. Il participe de nouveau au Défi ADT Canada-Russie avec l'équipe LHJMQ. En décembre 2005, il est à nouveau intégré à l'équipe nationale pour le championnat du monde junior en Colombie-Britannique, province du Canada. Après une victoire facile lors du premier match 5-1 contre la Finlande, Letang récolte son premier point lors de la victoire 4 à 3 contre la Suisse, une passe sur un but de Dustin Boyd. Premiers de leur poule, le Canada est automatiquement qualifié pour la demi-finale et au cours de celle-ci, Letang marque son premier but du championnat lors d'une victoire sur un blanchissageNote 5 4 à 0 contre les Finlandais. L'équipe remporte par la suite la médaille d'or en battant les Russes guidés par Evgeny Malkin, futur coéquipier de Letang avec les Penguins.
Alors que l'équipe canadienne remporte la médaille d'or, le coéquipier de Letang, Luc Bourdon est échangé aux Wildcats de Moncton, futurs vainqueurs de la Coupe du Président. Olivier Latendresse, autre joueur des Foreurs, finit meilleur pointeur de l'équipe et quatrième pointeur de la LHJMQ avec 125 points. Pour sa seconde saison dans la LHJMQ, Letang monte en puissance avec 25 buts et 43 passes pour 68 points. Les Foreurs participent aux séries éliminatoires mais s'inclinent en cinq rencontres face aux Remparts de Québec dès le premier tour. Il est nommé dans la première équipe d'étoiles de la LHJMQ.
